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Mensajes - Coordinación Observation España

#31
¿Cómo de bien o mal funciona la NIA (la Inteligencia Artificial de Naturaleza) para la identificación de especies en Observation.org?

Se está entrenando un nuevo modelo de identificación de especies a nivel de Europa, y lo hemos comparado con el modelo actual (de Bélgica-Holanda).

El procedimiento de prueba se ha realizado de la siguiente manera:  Para todas las especies incluidas en el modelo europeo, se han seleccionado aleatoriamente 20 observaciones aprobadas con fotos de observation.org, y se ha ejecutado la NIA sobre ellas utilizando los dos modelos (el nuevo y el antiguo)

Los resultados parecen muy buenos. Por ejemplo, para mamíferos el módelo europeo incorporan 336 taxones nuevos a los 121 existentes. De estos últimos, se mejora la identificación de 66, no presenta mejora con 33 y pierde fiabilidad en 22. De estos nuevos 336, el algoritmo funciona realmente bien con 122 de ellos.

En general, de un total de 457 taxones se identifican correctamente

       
  • 72 el 100% de las veces
  • 138 entre el 100% y el 80% de las veces
  • 17 entre el 80% y el 50% de las veces
  • 7 entre el 50% y el 0%
  • 224 no es capaz de identificarlas
¿Esto es bueno o malo? Pues depende de lo habitual que sean las 210 especies en las que acierta un 80% o más de las veces.

En cualquier caso, es una mejora sustancial sobre el modelo anterior, que solo era capaz de identificar 121 especies, de las cuales con solo 34 tenía un porcentaje de acierto mayor del 80%. Si nos referimos a esas 121 especies, el nuevo modelo acierta ahora en 91 de ellas más del 80% de las veces.

Para seguir mejorando en el futuro, es importante incorporar más fotos en las observaciones. Y por supuesto, el fundamental trabajo que desarrollan de manera desinteresada los validadores. Sin su colaboración sería imposible obtener un conjunto de datos de calidad con el que entrenar la inteligencia artificial.

Los resultados de esta comparativa están disponibles para su descarga por grupos de especies.
Por ejemplo, el siguiente enlace da información sobre los datos de mamíferos: https://old.observation.org/download/nia/nia_log_2.csv
Para otros grupos de especies hay que cambiar el 2 por el identificador del grupo.
La información obtenida se ha volcado en un CSV con los siguientes campos:

EUR (nuevo modelo europeo):
Identificador de especie
nombre científico
nombre completo
Total de identificaciones correctas
Total de identificaciones incorrectas
Promedio de identificaciones correctas (en porcentaje)
Promedio de identificaciones incorrectas (en porcentajes)
Nombres incorrectos (o los diferentes tipos que se le ocurren a la NIA)


PROD (modelo nl-be):
Identificador de especie
Total de identificaciones correctas
Total de identificaciones incorrectas
Promedio de identificaciones correctas (en porcentaje)
Promedio de identificaciones incorrectas (en porcentajes)
Nombres incorrectos (o los diferentes tipos que se le ocurren a la NIA)
Estas columnas contienen un '-' si la especie no se encuentra en el modelo nl-be


Luego vienen varias columnas que resumen la ecuación
Cambio positivo -> el modelo europeo parece ser una mejora frente al holandés-belga
Cambio negativo -> el modelo europeo parece obtener peores resultados frente al holandés-belga
sin cambios -> sin diferencia
not in current -> la especie no está en el modelo nl / be, por lo que es una mejora.
#33
Hola, todos,

Surgen fundadas preocupaciones sobre la aparición de observaciones desde ObsIdentify. El nuevo ObsIdentify está siendo un gran éxito del que estamos muy orgullosos, pero desafortunadamente también conduce a un aumento de observaciones que no deseamos ver en nuestra plataforma. Especialmente los validadores están teniendo dificultades a raiz de la masiva afluencia de observaciones erróneas. Desde Observation.org estamos al tanto, y estamos trabajando duro detrás de las pantallas para mejorarlo.

Acciones que estamos tomando actualmente:

Educar a los nuevos observadores

Casi todas las observaciones no deseadas provienen de nuevos usuarios de ObsIdentify. Necesitamos aclarar en ObsIdentify qué observaciones queremos o no queremos, y que las observaciones se cargan en un sitio web visible para todos. Para ello, en ObsIdentify, estamos incorporando ventanas emergentes adicionales, ofreciendo textos de ayuda y estamos ajustando los diseños actuales. Este proceso está en curso (los primeros cambios están actualmente en prueba) y seguiremos ajustandolos. También estamos trabajando para mejorar nuestra comunicación fuera de la propia aplicación (mailings).

Corregir / eliminar / ocultar observaciones no deseadas

Herramientas de validación: estamos mejorando las herramientas que los validadores tienen a su disposición, para que puedan validar fácilmente las observaciones. Estamos agregando herramientas para sugerir o cambiar el nombre de una especie más fácilmente y estamos mejorando la pantalla de validación pendiente para la validación masiva. Por ejemplo, se construye un botón con el que los validadores pueden rechazar una observación (o la mayor parte de las observaciones) y enviar automáticamente al observador un mensaje al respecto. Tenemos un lanzamiento planeado esta semana para estos cambios.

Bloqueo de usuarios: hemos creado una funcionalidad con la que los administradores pueden bloquear a los usuarios que continúan (después de una advertencia) subiendo observaciones no deseadas. Esto es para los casos más extremos, por ejemplo, los usuarios que publican muchas selfies. Los usuarios reciben un correo electrónico, no pueden guardar observaciones en ObsIdentify y ya no pueden iniciar sesión en el sitio web, donde reciben un mensaje sobre el motivo. Todas sus observaciones no validadas son rechazadas. Podemos desbloquear a los usuarios si nos informan que quieren usar la plataforma de manera seria.

En las rarezas recientes (pantalla de inicio) bloqueamos temporalmente las observaciones de ObsIdentify inciertas hasta que podamos gestionarlas mejor.

Actualmente también estamos pensando en opciones como mostrar solo observaciones inciertas si el observador cumple con ciertos requisitos (por ejemplo, cantidad de observaciones aprobadas). Sin embargo, este es un enfoque a más largo plazo que necesitará más tiempo para configurarse.

Algunos de estos cambios ya están en línea o lo estarán pronto. Otros tomarán algo más de tiempo.
#34
Aquí tienes un manual describiendo paso a paso cómo subir fotos a tus observaciones en Observation.

#35
¿Intentas abrir un archivo de sonido y se te abre ObsMapp? ¿Tu teléfono ya no te deja escuchar música u otros audios porque no se abre el reproductor de sonido?

Aquí tienes la solución:

Tras instalar ObsMapp, algunas versiones de Android lo reconocen erróneamente como un reproductor de sonidos. Para resolver el problema:


       
  • Instala otro reproductor de audio cualquiera, por ejemploJoeApollo
  • Abre un fichero de MP3
  • Android te preguntará qué reproductor usar (escoge el reproductor de tu sistema)
  • Problema resuelto
¡¡Un saludo!!
#36
¿Quieres organizar un evento de naturaleza en tu instituto, colegio o asociación naturalista?

Crea tu propia página en Observation.org en tres sencillos pasos. Verás todos los datos recogidos durante el evento, además de contribuir al conocimiento global sobre biodiversidad al subir las observaciones


Paso 1: Crea la localización donde realizar tu evento

Observation.org te permite definir localizaciones a tu gusto en la sección "Localizaciones personales" del menú de tu perfil.

Pulsa el botón "+ Nueva localización personal"

Dibuja los límites de la localización sobre el mapa, dale un nombre y pulsa "OK"
 
Ya tienes tu localización personal, estarás en su página, con un resumen de las observaciones y los observadores.

De momento esto solo puedes ver tú. Recuerda que si no te ha quedado bien siempre la puedes editar y modificar a tu gusto.

Paso 2: Crea un bioblitz en tu localización

Desde "Localizaciones personales" del menú de tu perfil, pulsa en su nombre para entrar en la página de tu nueva localización. Verás varias pestañas en la parte superior (en el móvil están bajo un "Más+").

Localiza la pestaña "Bioblitzes" para acceder a los eventos organizados en esta localización personal.

Aquí se listarán todos los eventos que organices en esta localización. No hay aún ninguno.

Crea tu bioblitz pulsando sobre Crear un BioBlitz para esta localización.

  • Dale un nombre
  • Incluye una descripción (truco: puedes darle algo de formato)
  • Elige fechas de inicio y fin (no hay límites!)
  • ¿Participas con tu bioblitz en el City Nature Challenge o un Biomaratón? Seleccionalo en "Categoría", empezando a escribir su nombre
  • Pulsa Crear
¡¡Listo!! Ya tienes tu bioblitz creado. Copia la URL de la dirección de tu evento y compártelo entre los participantes

Paso 3: ¡A Observar!

Para que otras personas participen del bioblitz solo tendrán que darse de alta en Observation y agregar sus citas ubicadas dentro del polígono que has dibujado. No hace falta apuntarse al evento, sino que sus observaciones se sumarán automáticamente.


Ánimo con tu actividad y recuerda que ¡Juntos observamos más!
#37
Cuando das de alta una observación puedes elegir de qué manera has contado el número de individuos:


       
  • Sin especificar (Por defecto)
  • Conteo preciso: Has contado exactamente el número de individuos que había
  • Conteo aproximado: Has contado de manera aproximada el número total de individuos.
  • Extrapolación: Has contado parcialmente el número de individuos, y has extrapolado para llegar a la cifra total.
  • Visto/Sin contar: Has visto la especie pero no has contado el número de individuos. Introduce un 1 en número de individuos
  • Abundancia: Has visto la especie, no has contado el número de individuos pero era muy abundante. Introduce 1 en número de individuos.

#38
Cita de: saulrr97 en Febrero 24, 2021, 10:31:47 PM
Las siguientes especies están clasificadas como nativas.

Especie exótica invasora: Cangrejo rojo americano
https://observation.org/species/10083/

Especie exótica invasora y clasificada como rareza: Cangrejo señal
https://observation.org/species/20581/

Especie exótica invasora: Mimosa
https://observation.org/species/113751/

Especie exótica invasora: Visón americano
https://observation.org/species/18418/

Especie exótica invasora: Gálapago de Florida
https://observation.org/species/79350/

El estatus se establece a nivel regional. Es decir, que a nivel internacional siempre son nativas. Debes mirarlo en este caso en el portal de España:

Estas ya estaban correctas:
https://spain.observation.org/soort/info/10083
https://spain.observation.org/soort/info/20581
https://spain.observation.org/soort/info/18418
https://spain.observation.org/soort/info/79350

Esta se ha marcado como "Naturalizada":
https://spain.observation.org/soort/info/113751
#39
Bugs en Observation.org / Re:Bugs corregidos
Febrero 09, 2021, 05:11:23 PM

Se han corregido varios bugs del sitio nuevo y/o viejo:

       
  • La exportación a CSV vuelve a funcionar
  • Mapas de presencia: Al pulsar en cuadrícula se mostraban todas las especies
  • Fotos: Corregida la tabla de datos
  • Localizaciones personales: Ya se pueden crear en el sitio nuevo sin error
  • Ordenar listados por número de observaciones
  • Fotos: Fecha no era clickable a veces
#40
Bugs en Observation.org / Bugs corregidos
Febrero 09, 2021, 05:10:22 PM
En este hilo se muestran los errores corregidos a día de hoy.

Este listado se actualiza desde el foro holandés (https://forum.waarneming.nl/)
#41
Aves / Añadida Carina moschata domestica
Febrero 05, 2021, 09:13:43 AM
Cairina moschata es una especie nativa de la América Tropical que se ha extendido por todo el mundo al ser domesticada. La forma doméstica se encuentra en estado semisalvaje por todo el mundo, aunque su habitat natural actual abarca desde México hasta el centro de Argentina y Uruguay, en zonas de clima tropical y subtropical y entre altitudes que van desde el nivel del mar hasta los 1000 m s. n. m.. (más en Wikipedia)

Es por esto que hemos añadido esta forma domestica, y hemos modificado todas las observaciones fuera de su habitat natural.

https://spain.observation.org/soort/maps/1015687?from=2020-02-05&to=2021-02-05
#42
Coordinador nacional
Julio Rabadán González

Administración Observado.es
Pablo Antonio Álvarez Valdés (Asturias)
Juan I. Deán (Navarra)
Jason Moss (Baleares)
Javier Rengel
Cosme Damián Romay (Galicia, Cantabria, Euskadi*, Cataluña*)
Jose Antonio Sarrión (Andalucía, Canarias)
Rafael Vicente (Castilla y León)
SEZ (Extremadura)
- (Euskadi)
- (Madrid)
- (Cataluña)
- (Castilla La Mancha)
- (Aragón)
- (Comunidad Valenciana)
- (Murcia)

*Provisional

Responsable de Ciencia Ciudadana
Antonio Canepa

Apoyo GIS
Guillermo Castel Sánchez

Gestión de grupos taxonómicos

Aves
Jose Antonio Sarrión
Jorge Valella

Mamíferos
SECEM

Reptiles y anfibios
Eduardo José Rodríguez Rodríguez

Hongos
Luis García Bona

Grupos aún sin responsable específico asignado
Plantas
Algas
Musgos y líquenes
Mariposas
Polillas
Libélulas
Insectos (otros)
Moluscos
Peces
Hemípteros
Ortópteros
Escarabajos
Himenópteros
Dípteros
Otros artrópodos
Otros invertebrados





#43
¿Cómo descargar los datos?
¿Cómo trabajar con los datos de observaciones que podemos obtener en bruto de la web Observation.org (Observation España), para procesarlos después con R utilizando una base de datos como intermediario? En colaboración con la Universidad de Burgos hemos realizado un cursillo sobre el manejo de datos de Ciencia Ciudadana, que podéis ver en nuestro canal de YouTube: https://www.youtube.com/watch?v=zlAeO8PpKhk&list=PLBulBnVr1-h4V-pL-PAysl-gjOlYINx8M

En este pequeño artículo os vamos a explicar una primera parte del curso que tenéis en vídeo, en el que veremos la estructura de la información que nos descargamos de Observation.org.

En este artículo vamos a ver el formato del sitio antiguo de Observation.org o, lo que es lo mismo, en spain.observation.org y cualquiera de los portales regionales.

Si lo que queremos es trabajar con nuestras propias observaciones, podemos ir al menú "Mi observation.org > Exportar/backup" . Seleccionamos los filtros que queramos aplicar para la descarga, como el grupo de especies, nivel de rareza, o un rango de fechas.

Es importante que marquemos la opción "Archivo CSV", que nos dará el máximo de información.

Formulario de descarga de observaciones propias





Una vez pulsemos el botón "Actualizar" se mostrará justo debajo del botón el enlace que deberemos seguir para descargar la información.



Si lo que queremos es obtener observaciones de todos los usuarios de Observation.org enviaremos un correo a info@observation.org con el detalle de la información que queremos descargar, y nos enviarán el paquete de datos directamente.

¿Qué formato tienen los datos?

Como resultado de ambas operaciones obtendremos un CSV muy similar, con todos los detalles de cada una de las observaciones.

Estos ficheros CSV descargados están en formato UTF-16, idioma español, y con los valores separados por tabuladores. Se pueden abrir de manera directa con LibreOffice o MS Excel, aunque es recomendable usar LibreOffice porque maneja mejor los ficheros CSV que MS Excel.

En la tabla siguiente podemos consultar las columnas presentes en el CSV que se descarga al consultar las observaciones personales desde el portal Observation.org, y qué información se incluye en cada una de ellas:
NombreValores
Id  Identificador único de la observación (principal)
scientific name  Nombre científico de la especie observada
species name    Nombre común en el idioma seleccionado
family  Familia taxonómica
species type  Tipo de taxón: especie, subespecie, forma, multiespecie, etc.
species group   Grupo de especies al que pertenece el taxón observado
date  Fecha de la observación
timeHora de la observación
created    Fecha de envío de la observación
modified Fecha de última modificación de la observación
source  Orígen de la observación: ObsMapp, iObs, Sitio Web, copiada de otro observador, importada de eBird, etc.
number  Número de individuos observados
sexo  Valor seleccionado.
"U" -> Sin especificar
"F" -> Hembra
"M" -> Macho
counting method  Valor seleccionado
life stage  Estadío vital/Apariencia seleccionada
activityValor seleccionado
lonCoordenada decimal X (longitud) en datum WGS84, con precisión de 5 decimales
lat  Coordenada decimal Y (latitud) en datum WGS84, con precisión de 5 decimales
location  Nombre del polígono más pequeño existente donde se encuentra la observación, a fecha de creación de la observación
country divisionProvincia donde se encuentra la observación
country  País donde se encuentra la observación
is certain  ATENCIÓN: A percepción del observador, si tiene dudas en la identificación o no
Valores:
"true" si el observador está seguro de la observación
"false" si la marcó como "Con dudas"
is escape  "false" si es una observación un individuo silvestre
"true" si es una observación de un individuo cuya presencia no es natural, sino que hay intervención humana
link  URL a la observación
accuracyPrecisión en metros de la ubicación. 999 si no se conoce la precisión
validation  Estado de validación de la observación.
Valores:
"O" -> Observación sin evaluar por un experto
"A" -> Observación aprobada automáticamente en base al conocimiento previo
"J"-> Observación aprobada manualmente por un experto
"N" -> Observación marcada como incorrecta por un experto
"P" -> Observación aprobada por un experto, basada en conocimiento previo
"U" -> Observación con dudas y que no se puede validar apropiadamente
"I" -> Observación bajo estudio
has photos"true" si adjunta fotos. "false" en caso contrario
has sounds"true" si adjunta sonidos. "false" en caso contrario
related species  Especie secundaria de la observación
substrateValor introducido
method Método de observación
notes  Comentarios adicionales del observador
validator name  Nombre de la persona responsable de la valdiación de la observación
last validation date  Fecha de última revisión de la observación
obscurity  Si la observación está oculta por seguridad
obscurity  Si la observación está oculta por seguridad
embargo date  Fecha hasta la que la observcación está oculta
external reference  Enlace externo con información adicional
user name  Nombre de la persona autora de la observación
user id  Identificador de la cuenta de la persona autora de la observación


¿Cómo analizo los datos?
   
Podríamos empezar a trabajar con estos dicheros directamente en R, pero en esta serie de artículos vamos a explicar cómo manejar ficheros grandes, de varios cientos de megas, de manera óptima. En vez de introducir directamente los ficheros en R o filtrarlos con AWK, como hacen otras bibliotecas de manejo de datos, vamos a avanzar un paso más utilizando un motor de base de datos real, tal como se explica en el curso de análisis de Ciencia Ciudadana de Observation.orghttps://www.youtube.com/watch?v=zlAeO8PpKhk&list=PLBulBnVr1-h4V-pL-PAysl-gjOlYINx8M
#44
Cita de: Maeradefigar en Noviembre 26, 2020, 11:20:54 PM
Hola,
Sería interesante que se pudiesen ingresar también desde Obsmapp, además desde la web.
Un saludo.

Cita de: Coordinación Observado.es en Noviembre 21, 2020, 07:35:47 PM
Cita de: Maeradefigar en Noviembre 20, 2020, 01:49:08 PM
Hola.
Carnivora sale en la web, no así en la app, le ocurre lo mismo que ocurría con el Quercus orocantabrica

Lo de incluir arctiodactyla es porque a menudo hay rastros de especies de este orden que no se pueden asignar con certeza a una especie, pero sí al grupo. Por ejemplo de jabalí/ciervo. Hay que ir al orden  puesto que el suborden ya los subdivide en grupos distintos y tampoco encajarían en esta agrupación.

Artiodactyla indet.
https://observation.org/soort/info/974782
Ya existía en Observation.org. La he agregado a la lista de especies de España.

Carnivora indet. ya está agregado en la lista de especies de España

Alectoris rufa  / Perdix perdix
https://spain.observation.org/soort/view/1003732
Añadida a Observation.org y a la lista local de aves de España

Salud!

HECHO
#45
Cita de: ja_sarrion en Noviembre 24, 2020, 06:43:02 PM
Para añadir esta especie que se encuentra en la ciudad autónoma de melilla

Artrópodos (Otras familias))
Scorpio maurus
Escorpión dorado de israel
Linnaeus, 1758
Scorpionidae   
https://www.gbif.org/species/6894666

HECHO